تا اسفندماه سال 1384 (يعني تا پنجاه سال پس از تأسيس دانشكدة پزشكي) دانشكدة پزشكي مشهد فاقد معاونت پژوهشي بوده است و قبل از اين تاريخ، امور پژوهشي دانشكده توسط واحد پژوهش و پايان‌نامة دانشكده و معاونين آموزشي‑پژوهشي بيمارستانهاي قائم (عج) و امام رضا (ع) به‌طور محدود انجام مي‌شده است. تا اين تاريخ، طرح‌هاي پژوهشي دانشكدة پزشكي در سه شورا و يك كميته بررسي مي‌شده است: شوراي پژوهشي بيمارستان امام رضا (ع)، شوراي پژوهشي بيمارستان قائم (عج)، شوراي تحصيلات تكميلي دانشكده و كميتة پايان‌نامه‌هاي باليني دانشكدة پزشكي.

در ابتداي سال 85، معاونت پژوهشي دانشكده با اين هدف تشكيل گرديد كه مرجع واحدي به‌عنوان متولي رسيدگي به امور پژوهشي ايجاد شود تا از فعاليت پراكنده و موازي واحدهاي مختلف تابعه جلوگيري شده و ضمن اتخاذ سياست و خط‌مشي واحد، روند اجرايي امور پژوهشي ساماندهي شود.

بعد از معرفي معاون پژوهشي، متعاقباً شوراي پژوهشي دانشكده با نظارت رياست محترم دانشكده تأسيس شد و پس از صدور حكم اعضاي آن توسط رئيس دانشكده، اولين جلسة آن در تاريخ 2/3/85 برگزار گرديد. تركيب اعضاي شوراي پژوهشي دانشكده به‌گونه‌اي است كه هم از مشاركت اعضاي هيأت علمي گروه‌هاي باليني و هم علوم پايه بهره‌مند است تا از يك طرف، ارتباطي بين تحقيقات علوم پايه و باليني ايجاد شود و از طرف ديگر، يك شوراي واحد عهده‌دار تصميم‌گيري در مورد امور پژوهشي باشد.