پیشنهاد برای راه‌اندازی دانشگاه در شهر مقدس مشهد، در سال ۱۳۱۳شمسی، همزمان با تأسیس دانشگاه تهران ثبت گردیده‌است و در سال ۱۳۱۸ از سوی دفتر نخست‌وزیر موافقت با این امر به وزارت معارف اعلام شد.
در ابتدا، بنا به عللی به جای دانشکده پزشکی، آموزشگاه عالی بهداری در مشهد افتتاح گردید و ساختمان قبلی دانشکده (در خیابان دانشگاه مشهد)که در آن زمان دبستان ۶ کلاسه دولتی «همت» نام داشت، به این کار اختصاص یافت. شارل ابرلن رئیس وقت دانشکده پزشکی تهران به این مأموریت برگزیده شد. این آموزشگاه به کوشش کارمندان آموزشی و اداری خود و پشتیبانی مؤثر شادروان مصطفی حبیبی استاد دانشگاه تهران به تدریج پاگرفت و چهار سال بعد وزارت فرهنگ به تأسیس نظایر آن در شیراز و اصفهان پرداخت..
از سال ۱۳۲۶ شمسی بار دیگر برای تکمیل آموزشگاه عالی بهداری و تبدیل آن به دانشکده پزشکی، مکاتبات و اقداماتی آغاز شد و سرانجام در همان سال موافقت هیئت دولت با تأسیس دانشگاه در مشهد جلب گردید و اساسنامه این دانشگاه مشتمل بر دانشکده‌های پزشکی، ادبیات و علوم معقول و منقول (الهیات و معارف اسلامی) تصویب گردید
نخستین آگهی قبول داوطلب برای سال اول دانشکده پزشکی در شهریورماه ۱۳۲۸ انتشار یافت و این دانشکده سرانجام در دوم آذرماه ۱۳۲۸ به عنوان اولین مرکز علمی پزشکی توسط دکتر زنگنه، وزیر فرهنگ آن زمان، رسماً افتتاح شد و آموزشگاه عالی بهداری نیز با فارغ‌التحصیل شدن دانشجویان سال آخر منحل گردید.
بعد از انقلاب شکوهمند اسلامی در سال ۱۳۵۷ و تغییرات کلی در بافت وزارتخانه‌ها، در سال ۱۳۶۵ دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور و علوم وابسته به آن از وزارت علوم و آموزش عالی منفک شد و با وزارت بهداری تواماً تحت عنوان وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به کار خود ادامه داد و دانشگاه مشهد نیز به تبع آن به تدریج به دو مؤسسه مستقل به نام‌های «دانشگاه علوم پزشکی مشهد» و دانشگاه فردوسی مشهد شناخته شد که هر یک با مدیریت جداگانه اداره می‌گردند.
در حال حاضر دانشکده پزشکی در محل جدید خود در پردیس دانشگاه فردوسی مشهد و در زمینی به مساحت 54720 متر مربع و با آموزش دانشجو در 14 رشته مختلف در مقاطع فلوشیپ و 22 رشته تخصصی بالینی ، توانسته است سهم بزرگی در تعلیم و تربیت نیروی متخصص جامعه پزشکی را تامین نماید.